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2003年，以教育部发布《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（简称8号文件）为标志 ，中国独立学院开始在国家政策的支持下向自主办学机构过渡 。表现在：
1．对独立学院的性质有了明确的认定
教育部“8号文件 ”第一次提出了“独立学院 ”的概念 ，并在其第一条就开宗明义指出：“本文所称独立学院，是专指由普通本科高校按新机制、新模式举办的本科层次的二级学院。一些普通本科高校按公办机制和模式建立的二级学院 、'分校’或其它类似的二级办学机构不属于此范畴 。”尽管所谓“新机制 、新模式 ”仍然语焉不详 ，按公办机制举办的类似机构 ，因此其所指仍然十分清楚 。
具体讲，“独立学院 ”有三大特征：
一是实行新的机制办学。独立学院从本质上是公有民资的普通本科高校，其投入主要由合作方承担或者以公有民资机制共同筹措 ，收费标准也按照国家关于民办高校招生收费的相关政策制定 。
二是实行新的办学模式 。在办学和管理上首次提出“五个独立” ，即独立学院校本部相对独立、有独立的法人资格 、独立颁发证书 、有独立的校园、实行独立的财务核算，从而赋予了独立学院确切的内涵。三是实行新的管理体制。独立学院的管理制度和办法由申请者和合作者共同商定 ，双方的责 、权 、利关系通过签署具有法律效力的协议来规范、体现 。另外 ，独立学院实行董事会领导下的院长负责制，校董会的组成及人选由双方商定 ，院长由申请者推荐、校董会选举 。
2．带有明显的过渡期“双轨制 ”特征
为强化对独立学院的宏观管理 ，教育部于2003年下半年开始对原有360多所所谓“二级学院 ”进行清理整顿 、重新登记。经过逐个审查，取消了其中100多所“二级学院”的办学资格 ，并对其中249所进行了重新登记 。通过整顿 ，独立学院 “优” 、“新 ”、“独 ”的特征获得了各界的广泛认同 。但是，由于其举办体制的公有性和运行机制的民营性之间存在着深刻的矛盾 ，因而这一时期独立学院的发展带有明显的“双轨制”特征。
一方面 ，这一时期独立学院大规模 、高速度发展，规模与数量急剧增加；
另一方面，达到“二本 ”分数线且家庭具有支付能力的考生则越来越少 。这导致独立学院之间展开激烈的生源竞争 。对此 ，教育部于2005年发布通知 ，对独立学院招生工作提出了“五个不得 ”规定，即规定独立学院不得擅自超计划招生 ，不得委托任何中介机构组织生源或进行录取工作 ，不得向学生收取国家规定的收费项目和标准以外的任何费用，不得违规降低标准录取考生 ，不得以专科录取 、按“专本连读”培养等。为进一步规范独立学院的办学行为 ，教育部还对已经注册登记的独立学院的基本办学条件、招生情况和教学工作进行了专项检查，并将检查结果予以通报 ，纠正了违规问题 。
2005年 ，教育部对湖北省7所违规招生的独立学院进行了通报批评，减少了这7所独立学院当年的招生计划 ，并责成各省教育行政部门对所辖区域内存在办学条件不达标 、申办方和投资方未尽职责等问题的独立学院进行整改；2006年 ，教育部对6所完全靠租赁土地和教学行政用房办学的独立学院停止了2006年度招生资格，对38所自有土地 、教学行政用房不达标的独立学院限制了2006年度的招生人数，对189所资产未过户的独立学院提出通报批评 ，对77所因统计报表填报错误或因计入中等职业教育在校生规模而导致了办学条件达不到有关规定要求的普通高校、独立学院也给予了通报批评 。通过一系列强化管理与政策引导 ，独立学院自主办学 、自我管理 、自我约束能力逐步得到增强。
3．开始向应用型本科教育的办学方向转型
中国的独立学院一般是在申办高校的优势学科、特色专业的基础上发展起来的，与母体高校在培养目标 、专业设置方面的雷同现象十分严重 。据统计 ，仅湖北省17所省属高校举办的20所独立学院中 ，专业与母体高校的雷同率超过96%；有13所独立学院的专业与母体高校完全相同 。这在独立学院创办初期，尤其是由母体高校颁发学历文凭时期对考生具有极强的吸引力。但随着自授学位 ，有很大一部分转设为普通民办高校后 ，招生中母体高校“光环效应 ”的逐渐减退或者取消，原有的学科专业不仅不再是吸引考生的优势 ，反而成为与母体高校争生源 、争就业市场的根源。迫于生存压力 ，不少独立学院开始转设或者转变办学方向，面向区域经济发展打造应用型本科人才培养特色 。 2008年 ，教育部下发《独立学院设置与管理办法》（简称26号令） ，提出将于2013年完成独立学院的改革，并指出了独立学院继续作为独立学院存在、转民办高校、撤销或合并的3条“出路 ” 。
1．独立学院获得了新的发展基点
2008年教育部“26号令”的发布，廓清了1998～2008年的一系列困扰人们的理论与实践问题办学者的疑难问题 ，使得独立学院的发展前景也更加清晰。
其一 ，关于独立学院的性质，教育部“26号令 ”第二条明确指出：“本办法所称独立学院 ，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作 ，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校 。 ”与教育部“8号文件”相比，“26号令 ”突出了“举办者 ”和“经费来源”这两项最基本的办学要件 ，从而明确了独立学院各办学主体所应担负的责任与义务 。
其二 ，关于独立学院的权益，教育部“26号令”明确提出独立学院依法享有《民办教育促进法》及其实施条例所提出的所有鼓励性 、扶持性政策 ，包括专项资金支持 、闲置土地出租出让支持、金融信贷支持 、税收优惠支持 、公益事业用地支持、教职工权益保护 、家庭经济困难学生资助等。
其三 ，关于申办高校的权益，教育部“26号令 ”突出强调：普通高等学校对独立学院投入的学校名称 、知识产权等无形资产 ，可以按照《民办教育促进法》及其实施条例的规定 ，从独立学院的办学结余中取得合理回报；独立学院使用普通高等学校的管理资源和师资、课程等教育教学资源，其相关费用也要按照双方约定或者国家有关规定列入独立学院的办学成本 。
其四，关于参与举办者的权益 ，教育部“26号令 ”明确规定：参与举办独立学院的社会组织或者个人 ，与普通高等学校一样都是独立学院的举办者之一；独立学院出资人依法可以从独立学院的办学结余中取得合理回报 。这些规定较好地回答了有关独立学院举办者能否取得 、如何取得“合理回报”的核心问题，有利于吸引更多社会资源投入民办高等教育事业。
2．向民办普通高校“转设 ”是出路之一
教育部“26号令 ”对已经设立的三百多所独立学院提出了一个5年的考察验收期 。在此期间 ，独立学院将面临五种选择：或者以独立学院的形式继续办学 ，或者“回归”申办普通高校，或者转设为民办普通高校 ，或者并入其他民办院校 ，或者被终止办学资格 。
其中，对于那些以民间资本为主体的独立学院 ，教育部将推动其逐步转设为独立建制的民办普通高校。这既是国家宏观政策的价值导向 ，也是多数独立学院求生存 、谋发展的必然选择 。事实上，由于独立学院具有本科起点的明显优势 ，因而它更应该成为中国民办普通本科高校的“孵化器 ” 。在此之前 ，中国只批准设置了27所民办普通本科高校。而2008年10月，教育部就一次性批准4所独立学院转设为民办普通本科高校；2009年6月又有一所独立学院实现了成功转设，其力度之大实属罕见。
3．要以普通高校设置标准指导“转设 ”工作
当前 ，教育部规定的5年过渡期已经过去了1/5时间 。必须按照国家的统一部署与独立学院的发展要求 ，做好迎接考察验收的准备工作 。因此，必须对相关政策和规定进行认真解读 ，力争在规定期限内成功实现由独立学院向民办普通高校的“转设”。
早在2006年教育部发布的《关于“十一五 ”期间普通高等学校设置工作的意见》（教发〔2006〕17号）就已经明确提出：“独立学院视需要和条件按普通高等学校设置程序可以逐步转设为独立建制的民办普通高等学校 。 ”为此 ，教育部配发了《普通本科学校设置暂行规定》（教发〔2006〕18号），对普通高校的各项设置标准都提出了明确要求；2008年教育部发布的“26号令”更进一步提出了独立学院的设置标准和管理办法 ，这既是国家实施考察验收的依据 ，也是独立学院自身发展的方向 。根据“转设 ”工作的特殊要求，要特别关注其中的三项规定：
一是关于普通高校设置标准的要求 ，包括办学规模、学科专业设置 、师资队伍 、教学科研水平、基础设施、办学经费及领导班子配备等；
二是关于学校名称的确定 ，必须根据人才培养目标 、办学层次 、类型、学科门类 、教学科研水平 、规模、领导体制 、所在地等来确定；
三是关于“转设 ”的申请程序，这应当由学校主管部门委托其教育行政部门邀请规划 、人才、劳动人事 、财政 、基本建设等有关部门和专家共同进行考察、论证 ，并提出论证报告 ，报请国家教育部审批。在此期间，独立学院必须在有限的时间内努力改善办学条件，尤其要加强基础设施和师资队伍建设 ，同时按照学校发展目标和人才培养要求积极调整专业设置 ，完善教学计划 、教学规范及教学管理制度，力争使各项办学条件都达到民办普通高校所应有的基本要求 。
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